notitie

SiC!

a Dutch initiative

for an international

naar een Nederlands-internationaalNederlands initiatief

voor een internationaal

Silicon Cells initiatiefprogramma

acroniem: SiC

29 maartAapril 2002

update Aapril 2003<<versie RvD/HWf, 29-318-4-02>>

Initiators

Jacky L. Snoep iefnemers

Roel van Driel

prof. Dr Hans V. Westerhoff

prof. Dr Rienk van Grondelle

prof. Dr Sef Heijnen

prof. Dr Roel van Driel

voorlopig contact address

<<tot Hans terug is>>

R. van Driel

BioCentrum Amsterdam

Swammerdam Institute for . VLife Sciencesoor Levenswetenschappen

Kruislaan 318

postbus 94062

NL-1090 GB Amsterdam, EU

tel tel +31 020 -525.5150

fax +31 020 -5252.7924

e-mail sbnlvan.driel@bio.vu.nlscience.uva.nl

www.systembiology.net/sbnl

Towards a Dutch international Silicon Cells initiativeNaar een Nederlands internationaal Silicon Cells initiatief

1. Doel en kansenAims and opportunities

System Biology developments

This memorandum aims to boost the Dutch momentum behind what should become an international program in an area of molecular system biology that is entitled Silicon Cells (SiC). This initiative should result in a major proposal in the framework 6 program of the European Union, in the European Science Foundation, and in the Human Frontier and Science Program. The wider ambition is to set up an international program in which the activities in Europe, The United States, Japan and South Africa are harmonized. For E. coli this is taking shape through the International E. coli Alliance (EcIA; www.sciencemag.org/cgi/content/full/297/5586/1459a ).

Doel van deze notitie is te komen tot een plan van aanpak voor het starten van een internationaal programma op het terrein van de moleculaire systeembiologie, onder de titel Silicon Cells (SiC) met Nederlandse groepen als voortrekkers. In eerste instantie zal dit initiatief moeten resulteren in een aanvraag in het kader van het Europese Zesde Kaderprogramma (EU-KP6). Echter, de ambitie op wat langere termijn is opzetten van een programma waarin inspanningen in Europa, de Verenigde Staten, Japan en Zuidafrika worden gecoördineerd.

The Netherlands has a long scientific tradition in cell physiology. Through a combination with molecular biology and thanks to enabling technologies such as integrative genomics and bioinformatics, this now metamorphoses to what may be described as molecular system biology. Molecular system biology delineates complex biological systems both quantitatively and dynamically in terms of chemical conversions and physical interactions. The ultimate aim is to incorporate all processes in the living cell, to the extent that everything is networked with everything else. This should provide a basis for the true understanding of the complex network of processes that we tend to call ‘Life’.

From System Biology to the Silicon Cell

Nederland heeft een lange wetenschappelijke traditie in de celfysiologie, overgaand in wat nu beschreven kan worden als systeembiologie. Hierbij gaat het om het kwantitatief in kaart brengen van complexe biologische systemen in termen van chemische omzettingen en fysische interacties. Het ultieme doel hierbij is het incorporeren van alle processen in de levende cel. Daarmee wordt de basis gelegd voor het werkelijk begrijpen van het complexe netwerk van processen dat we in de wandeling ‘Leven’ noemen.

Thanks to the opportunities offered by modern genomics, biological research has entered a new phase. Groups inside and outside The Netherlands have begun to put System Biology on an entirely new footing. Where previously System Biology employed modeling to examine which system properties might occur in Biology, now one can ‘simply’ calculate which system properties actually occur in biological systems. This is accomplished by making a computer replicon of (part of) a living cell. For each macromolecular process, such a replicon contains a mathematical rate equation describing the relevant kinetic, thermodynamic and structural properties. The set of equations for all components of the cellular system are then integrated by numerical procedures to calculate what the computer replicon, i,e. the Silicon Cell, should be exected to do under the given conditions. At the moment this can only be accomplished for cellular subsystems of limited complexity, such as glycolysis and EGF-initiated signal transduction; fDoor de mogelijkheden die door de moderne ‘genomics’ benaderingen geboden worden komt het biologisch onderzoek in een geheel nieuwe fase. Een aantal groepen in en buiten Nederland is begonnen de systeembiologie op een geheel nieuwe leest te schoeien. Waar systeembiologie zich voorheen bezig hield met het modelmatig uitzoeken van welke systeemeigenschappen in de biologie in potentie mogelijk zijn, daar kan men nu 'simpelweg' uitrekenen welke systeemeigenschappen de biologie werkelijk heeft. Dit geldt op dit moment natuurlijk pas voor subsystemen van beperkte omvang in de cel (bijv. de glycolyse en EGF geinitieerde signaaltransductie)or most parts of living cells the components are incompletely known molecularly under the relevant in vivo conditions. In view of the many data that emerge ever more rapidly from the functional genomics programs, the possibilities are increasing rapidly however. , omdat m.b.t. de meeste cel-onderdelen onvoldoende moleculaire eigenschappen bekend zijn. Maar vanwege de vele gegevens die met toenemende snelheid uit de functionele genomics programma’s komen, breiden de mogelijkheden zich bijzonder snel uit. The first Silicon Cell activities (cf. www.siliconcell.net) have been in the areas of signal transduction and metabolic networks, in relatively simple and well-known autonomously living cells (E. coli, yeast). Dutch groups play a leading role in this field. One of the initiators of this note was among the few European speakers on the International Conferences on Systems Biology in Pasadena (2001) and Stockholm (2002) and is co organizer of the 2004 ICSB in Heidelberg.

The existing SiC’s are collected in a live ‘modelbase’, i.e. a web site where anyone from anywhere in the world can interrogate the SiCs for their behavior if kinetic parameters, or environmental conditions are changed (www.jjj.biol.vu.nl) . The driving force behind this live model base is another Dutch scientist with appointments both in Amsterdam and at the University of Stellenbosch, South Africa.

Figure 1. A screenshot from the Silicon Cell modelbase; cf. www.jjj.bio.vu.nl

As a response to the first call of the EU-FP6 program a Specific Support Action has been requested to enable the setting up of a European System Biology network at various levels, scientifically, educationally and organizationally. The third call of the program is likely to offer ample opportunities for a Silicon Cells Network of Excellence, which The Netherlands may help pull offHet initiële werk vindt plaats in het gebied van signaal transductie- en metabole netwerken in relatief eenvoudige levende cellen (E.coli, gist). Nederlandse groepen spelen in dit veld een leidende rol. Een Nederlandevan de initiatiefnermers van deze notitie (<<<HVW??JA, maar ik weet niet of we dit willen explicteren; het gaat er nl om dat het een Nederlander was, niet om wie>>>) was een van de zeer weinige Europese hoofdsprekers (naast bijv. Alfred Gilman) op het recente System Biology congres in Pasedena. As a matter of preparation a European workshop/think tank will be organized in which the format of the initial European Silicon Cells program will be pinpointed. Aim of the present memorandum is to solicit the assistance of the most relevant Dutch scientists, institutions and companies for this Silicon Cells’ initiative, such that we can gather momentum in the European arena as ‘The Netherlands, incorporated’..

Het EU-KP6 programma biedt qua toonzetting van de komende call for proposals uitstekende mogelijkheden voor het Silicon Cells initiatief, met Nederland als voortrekker. Als voorbereiding zal een Europese workshop worden georganiseerd, waarin de precieze opzet van het initiële Europese Silicon Cells programma vastgesteld gaat worden. Doel van deze notitie is een aantal Nederlandse onderzoekers, instanties en bedrijven te betrekken bij dit Silicon Cells initiatief, zodat we in de Europese arena als ‘b.v. Nederland’ kunnen optreden. Daartoe zal begonnen worden om op heel korte termijn een netwerk van gelijkgestemden binnen Nederland op te zetten.

2. Silicon Cells: molecular system biologymoleculaire systeembiologie

Notwithstanding the great successes of molecular biology and cell biology, we are still not able to understand scientifically how a living cell functions. Whilst we know many components of the living cell, the dynamic wiring of the cellular network is only now being determined. In order to comprehend cell functioning including the basis of its typical mixture of robustness and adaptation, the protocols according to which macromolecules enter in interactions should be mapped. As many parallel and cross-connected interactions are at play at various time scales(from nanoseconds inside macromolecular complexes to hours at the level of gene expression),

Ondanks grote successen in de moleculaire biologie en in de celbiologie, zijn we nog steeds niet in staat wetenschappelijk te begrijpen hoe een levende cel functioneert. Terwijl we vele bouwstenen van de levende cel nu redelijk kennen, wordt de dynamische bedrading van het cellulaire netwerk pas nu in kaart gebracht. Om het cellulaire functioneren, en de basis van zo typische biologische robuustheid en adaptatie hard te doorgronden, moeten de protocollen volgens welke macromoleculen in interactie gaan, bepaald worden. Omdat het gaat om vele paralelleparallelle en verknoopte interacties op verschillende tijdschalen (van microsecondes binnen macromoleculaire complexen, tot uren op genexpressie niveau), kan slechts een computation-assisted approaches are essentialbenadering uitweg bieden.

Molecular System Biology is the scientific area that focuses on this interplay between (mostly large numbers of), by themselves Moleculaire systeembiologie is het wetenschapsgebied dat zich richt op dit samenspel tussen (meestal grote aantallen) op often relatively simple, physical and chemical processes that results in zichzelf vaak relatief eenvoudige fysische en chemische processen dat resulteert in the complex behavior of living organisms. het complexe gedrag van levende organismen. For the Silicon Cell initiativeIn het geval van het Silicon Cells initiati this is the Living Cell.

ef is dit de Levende Cel.

The Silicon Cell approach integrates bioinformatics, genomics, proteomics, and metabolomics with the more classical approaches in the biomolecular sciences. At stake is the area where quantitative experimentation in the living cell integrates with the mathematical modeling of how those molecular processes bestow that cell with its life-specific properties. The word ‘Silicon’ in Silicon Cell refers to the ultimate aim of obtaining a replicon of the living cell in the computer. Making the predictions of these replica correspond with the results of new cell physiological experiments, De Silicon Cells aanpak integreert bioinformatica, genomics, proteomics en metabolomics met de meer klassieke aanpak in de biomoleculaire wetenschappen. Het gaat om het onderzoeksveld waar kwantitatieve experimenten in de levende cel hand in hand gaan met het mathematische modelleren van hoe de moleculaire processen die levende cel haar specifieke eigenschappen geven. Het woord 'Silicon' in Silicon Cells geeft aan dat het uiteindelijk gaat om een exacte replicon replica van het levende systeem in de computer. Het kloppend krijgen van de voorspellingen van dezeit replicaon met nieuwe celfysiologische experimenten will be the ultimate and hard quality criterion of this program. At first the program will have to be limited to signal-transduction and metabolic networks. However, in the coming five years a rapid development is expected towards spatially resolved supernetworks that will ultimately comprise all processes and dynamic structures in the living cell. Large complexes of transcription factors, as well as structure formation on membranes and in ‘cytosol’ are on the immediate agenda.

zal het uiteindelijke, bikkelharde kwaliteitscriterium in dit programma zijn. Aanvankelijk zal het voornamelijk gaan om metabole en signaal transductie netwerken. Echter, in de komende vijf jaren is een snelle ontwikkeling te verwachten naar het verder integreren van netwerksystemen in supernetwerken die uiteindelijk alle processen in de levende cel omvatten. Grote complexen van transcriptiefactoren, alsook structuurvorming in membranen en ‘cytosol’, staan dan ook op de onmiddellijke agenda.

It is important to emphasize the complementarity between the classical system biology and molecular biology on the one hand, and the Silicon Cells/molecular system biology on the other. The classical system biology saw the biological system as a black box and determined experimentally the transfer functions between input and output. The macromolecular mechanisms responsible for these transfer functions were not addressed. This estranged classical system biology from physics and chemistry. Molecular biology (and biochemistry and biophysics) tended to consider macromolecules independently of one another, and fell short understanding how macromolecules attain function in the dynamic and reciprocal contexts of the living cell. Het is van belang het onderscheidde complementariteit te benadrukken tussen de klassieke systeembiologie en de moleculaire biologie aan de ene kant, en de Silicon Cells/moleculaire systeembiologie aan de andere. De klassieke systeembiologie beschouwde een biologisch systeem als een zwarte doos en bepaalde experimenteel de transferfuncties tussen input en output. Daarbij werd geen rekenschap gegeven van de macromoleculaire mechanismen die aan deze transferfuncties ten grondslag liggen. Dit maakte de klassieke systeembiologie on-fysisch en on-chemisch. De moleculaire biologie (en biochemie en molecuulbiofysica) beschouwden enkele macromoleculen in afzondering van elkaar, en kwamenkomt niet toe aan het echt begrijpen van hoe zo’n een macromolecuul in de dynamisch reciproke context van de levende cel tot biologische functie komt. Deze These limitations were motivated by the phenomenon that unknown components continued to appear deo ex machina, such that explanations could never be made conclusive. beperking kwam voort uit het feit dat onbekende componenten nog steeds een belangrijke rol speelden in de levende cel, zodat verklaringen nooit sluitend gemaakt konden worden. Dit was frusterend omdat veel van het gedrag van macromoleculen mede bepaald wordt door hun dynamische omgeving. The complete genome sequences of living cells and the coupled functional genomics programs remove these limitations more and more. The system biology proposed here, and most strongly so, the SiC, has the ambition of explaining the system behavior of a limited number, well characterizable living cells on the basis of the dynamic behavior of the rmacromolecules, with as hard criterion the successful prediction of cell behavior under physiological, biotechnological and pathological conditions.

Het beschikbaar komen van de complete genoomsequenties van levende cellen met de daaropvolgende functionele genomics programma’s heffen deze beperkingen nu in hoog tempo op. De hier voorgestelde moleculaire systeembiologie wil dan ook het systeemgedrag van een beperkt aantal goed te karakteriseren levende cellen verklaren uit het dynamisch gedrag van zijn macromoleculen, met als keihard criterium het succesvol voorspellen cellulair gedrag onder fysiologische, biotechnologische en pathologische omstandigheden.

3. Why should The Netherlands play a leading role in this?aarom moet Nederland een leidende rol spelen

The Netherlands have a long tradition in physiology, excellent molecular biological and biochemical expertise, excellent modeling and computational capabilities, distinctions in the area of Silicon Cells, the tendency not only to compete but also to synergize, as well as a biotechnologically innovative industry.

Nederland heeft een lange traditie op fysiologisch gebied, een heel goede moleculair biologische en biochemische expertise, zeer goede modelleer- en rekenvaardigheden, een internationale faam op het gebied van Silicon Cells, de neiging om niet alleen te concurreren maar ook samen te werken, alsmede een biotechnologisch innovatief bedrijfsleven.

4. Why we should act quickly; rapid international developments aarom we snel moeten handelen: stormachtige internationale ontwikkelingen op dit terrein

TIn he United States and Japan already house major initiatives aiming to help calculate processes in living cells. The Cell Signaling consortium of Alfred Gilman focuses on collecting the quantitative experimental data necessary to make a computer model of cell signaling systems. Leroy Hood and Bernard Pallson are setting up entire institutes to do system biology. de Verenigde Staten en Japan wordt gewerkt aan vergelijkbare initiatieven voor het ‘uitrekenen’ van de levende cel. Het Cell Signalling initiatief van Alfred Gilman richt zich op het inzamelen van kwantitatieve experimentele gegevens met als doel zo snel mogelijk een computermodel van celsignalering systemen te maken. Leroy Hood heeft vorig jaar een geheel nieuw instituut opgericht om aan systeembiologie te doen. Bernard Pallson doet hetzelfde in Zuid California.The Het Virtual Cell initiativeef in Chicago makes available programs and software that can be used by others for modeling intracellular processes. SiC differs from all these initiatives in that it aims at computer replica, including the values of the kinetic parameters, rather than at general purpose modeling software, or phenomenological proofs of principle. The Japanese E-cell program is not as publicly available, but may be closer to SiC: It does relate to the biochemical and physical reality of the living cell, albeit that it aims more at a phenomenological than a mechanistic descriptions.

verzorgt rekenprogramma’s en databases die ten behoeve van celmodellen gebruikt kunnen worden. Het Japanse E-cell programma treedt niet erg in de openbaarheid, maar sluit aan bij de biochemische en fysische realiteit van de levende cel; al lijkt het meer te gaan om een fenomenologische beschrijven van celgedrag. Canada staat op het punt het Cybercell initiatief te starten.

Also in Europe the System Biology challenge is felt. The German Ministery for Education and Science (GMBF) has initiated a In Europa pakt men deze draad nu ook op. Het Duitse ministerie voor ontwikkeling en onderzoek heeft op 4 maart jongstleden een 50 M€ system biology program, which focuses on the hepatocyte. The subsidieronde gestart voor systeem biologie met focus op de levercel. Het Max-Planck Gesellschaft bereidt een groot initiatief voor op het gebied van cellulaire complexiteithas founded institutes on system biology and complexity. . In Heidelberg gaat een wiskundig instituut met vele tientallen medewerkers zich richten op de wiskunde van de levende cel. De Fransen zijn bezig met een initiatief tot aanzienlijke verbreding van de bioinformatica. In het Verenigd Koninkrijk heeft de BBSRC zojuist twee subsidierondes uitgezet betreffende functional genomics in een Silicon Cells-achtige context.

Dutch scientists are involved as evaluators in many European System Biology initiaitves.Nederlandse wetenschappers worden bij vrijwel al deze initiatieven ingeschakeld als externe experts. Soms is hun rol daarbij indringend, zoals bij het Duitse BMBF initiatief waar twee (JJH en HVW) van de zes leden van het beslissende comité Nederlander zijn (naast een Oostenrijker en drie Duitsers]. De voordracht van één van de twee Nederlandse experts werd enthousiast ontvangen met de opmerking: ‘zo moet het!’ <<<wie kan dat geweest zijn?? Wff; Heijnen gaf geen voordracht>>>.. Expliciet wordt gevraagd om een Nederlandse rol bij een Europees systeembiologie programma, vanwege de prominente rol die een aantal Nederlanders spelen in de relevante onderzoeksgebieden. They often lecture at meetings initiating national European System Biology eprograms. Why should the Dutch System Biology program not play a major role in Europe? De vraag is waarom Nederland slechts een ondergeschikte rol zou willen spelen, waar zij trekker zou kunnen zijn.

5. Utilisatie en de betrokkenheid van het bedrijfslevenIndustry

In the first (sequencing) phase of the genomics programs, international big industry was largely absent. New companies entered the vacuum, and some of these grew to substantial sizes before being bought up by the traditional industry. System biology may differ. Merk (a.g.), Bayer, Merck, Sharp and Dome and Smith Cline Beecham appear highly interested in the German hepatocyte program and in the Silicon Cell and IEcA initiatives. Bij de eerste fase van de ontwikkeling van genomics programma’s (het bepalen van de basenvolgordes) is het bestaande internationale bedrijfsleven zo goed als afwezig geweest . Nieuwe bedrijven zijn in dit vacuum gestapt, en worden nu zo langzamerhand door de grote oude industrie opgeslokt. Bij de ontwikkeling van programma’s op het terrein van de systeembiologie, zoals het Silicon Cells initiatief, lijkt dat anders te gaan. Merck is bijzonder

geinteresseerd en in feite geïnvolveerd in het Duitse Systeembiologie programma (de vice-voorzitter komt van Merck). Bayer heeft een grote groep werken aan een ‘silicon’ gistcel. DSM, Purac en Unilever, and Organon are zijnhighly interested in System Biology, the fomer two certainly with respect to S. cerevisiae, the latter with respect to human whole-body system biology.

sterk geïnteresseerd in de Nederlandse in het Nederlandse Silicon Cells initiatief, met name wat betreft het volledig begrijpen van de gistcel.

Again however, importance exceeds the interest of any single industry (just like the human genome sequence did). In the German initiative, a ‘man-on-the-moon inspiration suggests that it should be possible to make a silicon hepatocyte. Perhaps this will take another 10 years, but the ability to calculate the effects and conversions of many drugs in the liver, as well as liver regeneration after hepatitis and alcohol abuse, may well be worth the tremendous effort.

Los van deze industriële interesse, is er opnieuw de situatie dat het belang waar het hierom gaat te hoog is voor elke bestaande industrie (net als bij de humane genoom sequentie). In het Duitse initiatief heerst daadwerkelijk een ‘man-on-the-moon’ gedachte dat het zal gaan lukken om een rekenmodel van de hepatocyt te maken. Wellicht moet dat nog 10 jaar duren, maar dan zullen de effecten en omzettingen van vele geneesmiddelen in de lever, alsook leverregeneratie na hepatitis of alcoholmisbruik ‘gewoon uitgerekend’ kunnen worden.

It should be clear that the economic importance of the SiC initiative is substantial both for the near and the more distant future. Results of this type of system biological approaches will strongly impact the biomedical, pharnaceutical and biotechnological industry. Ultimately they will transform the medical world from a largely empirical to a calculation-based operation.

Het moge duidelijk zijn dat de economische belangen van het Silicon Cells initiatief op korte en middellange termijn zeer groot zijn. Resultaten van dit soort systeembiologische benaderingen zullen een zeer grote impact op de biomedische, farmaceutische en biotechnologische industrie hebben en zullen op termijn met name grote delen van de medische wereld omvormen van een nu nog vooral empirische naar een exacte wetenschap.

6. 6. The multidisciplinary Silicon Cells initiative relates to existing Dutch research programsHet multidisciplinaire Silicon Cells initiatief sluit nauw aan bij bestaande Nederlandse prioriteitenprogramma’s

TheHet Silicon Cells initiative closely corresponds to and integrates with Dutch research priorities in the areas of bioinformatics, genomics, ‘biology inspired physics’, computational life sciences, ‘molecule to cell’, and nanotechnology. At the same time the Silicon Cell initiative will address medical aspects. It relates to the Leiden-VU-TNO–EUR program on Medical Systems Biology. The initiative concerns a multitude of disciplines such as mathematics [statistics, logics, numerical mathematics], informatics [including artificial intelligence], physics [biophysics, complex systems, fluorescence, optics], chemistry [analytical, biological, pharmacological], biology [molecular biology, physiology, ecology, genetics, neurobiology], medical sciences [tumor cell biology, multifactorial diseases, population studies], sociology [the sociology of molecules, science and society] and philosophy of science. This is an additional reason why the topic system biology may be entertained by a wide science base in the Netherlands.

ef sluit nauw aan bij en integreert Nederlandse prioriteiten op de terreinen van de bioinformatica, genomics, ‘biology driven’ fysica en computational science, nanotechnologie. Tegelijkertijd zal het Silicon Cells initiatief een aantal belangrijke medische aspecten omvatten. Het initiatief betreft dan ook vele disciplines waaronder wiskunde [statistiek, logica, numerieke wiskunde], informatica [o.a. artificiele intelligentie], natuurkunde (biofysica; complexe systemen], scheikunde [analytische chemie, biochemie, farmacochemie], biologie [moleculaire biologie, fysiologie, ecologie, genetica, neurobiologie], geneeskunde [tumorcel biologie, multifactoriele ziekteleer], sociologie [sociologische ‘wetten’ in de levende cel, natuurwetenschap en samenleving], filosofie [wetenschapsfilosofie]. Dit is ook de reden dat het juist in Nederland door een breed wetenschappelijk front gedragen kan worden.

7. Stand van zakenState of affairs as ofin Aapril 2003

A number of concrete steps have been set to organize System Biology in the Netherlands

· A web site (www.systembiology.net/sbnl )

Een aantal concrete stappen zijn gezet om Systeembiologie in NL op de kaart te zetten.

· 1. A two-day workshop in February 2003 under the auspices of NOW-ALW, defined the contours of Dutch System Biology

Tweedaagse workshop gehouden in februari 2003: 80 deelnemers onder auspiciën van NWO-ALW

· 2. A Dutch industrial platform has been set up

Initiëring van een industrieel platform.

· 3. The Dutch have contributed to two relevant FP6 first call proposals; one a specific support action and the other a system biology demonstration programStappen in de richting van EU-FP6

· 4. preparations towards the European Sciences Foundation

3. Stappen in richting van European Science Foundation

· 5. The various areas within NWO are being approached

Gebieden binnen NWO worden benaderd

· 6. The initiative group SBNL has been installedInitiatiefgroep SBinNL opgericht

·7. A second workshop is being prepared for the fall of 2003.Voorbereiding tweede workshop in late herfst 20037. Strategie

stap1 Oprichting van een ad hoc comité Silicon Cells, bestaande uit prof. Dr Hans Westerhoff (VU), prof. Dr Roel van Driel (UvA), prof Dr. Sef Heijnen (TUD), prof. Dr Rienk van Grondelle (stap 1is uitgevoerd)KLOPT DIT WEL; IK HEB SEF PAS ZOJUIST GEVRAAGD ; NOG GEEN ANTWOORD; HEN JIJ Rienk gevraagd??

stap 2 Polsen van NWO (incl. FOM), TNO en het Nederlandse bedrijfsleven, met name Unilever, DSM, Heineken, Philips, Organon en Purac/CSM. Deze consultaties zullen leiden tot een uitvoerend comité voor het Silicon Cell programma. (stap 2 moet in april mei 2002 zijn afgerond)

stap 3 Opzetten van een Silicon Cells workshop waarvoor prominente Europese spelers Profit en non-profit) op dit terrein worden uitgenodigd en waarbij de basis gelegd wordt voor een grootschalig EU-KP6 programma. (stap 3 zal in mei 2002 worden gezet)

stap 4 Opstellen en indienen van een EU-KP6 programma.